Keputusan sela mengenai kasus pidana korupsi oleh keempat Dosen Faperta dilanjutkan dalam tahap pemeriksaan saksi-saksi. Eksepsi atau keberatan terdakwa atas surat dakwaan dari penuntut umum tidak diterima oleh majelis hakim pengadilan negeri Tipikor, Yogyakarta. Majelis hakim menilai surat dakwaan penuntut umum telah sah dan memenuhi ketentuan pasal 143 ayat (2) huruf a dan b.
Terdapat dua poin eksepsi (keberatan) yang diajukan terdakwa kepada majelis hakim yaitu 1) tentang perselisihan pra-yudisial, 2) tentang Surat Dakwaan penuntut umum tidak memenuhi syarat materiil sebagai suatu surat dakwaan menurut asal 143 ayat (2) huruf b KUHP karena tidak cermat, tidak jelas, dan tidak lengkap.